Ο Kafka θέλει να καθαρίσει τα kaiju, αλλά όχι κυριολεκτικά! Θα υπάρξει μια ξαφνική μεταμόρφωση που θα σταθεί εμπόδιο στο όνειρό του; Με τους υψηλότερους στατιστικούς εκρήξεων kaiju στον κόσμο, η Ιαπωνία δεν είναι ξένη στις επιθέσεις από θανατηφόρα τέρατα. Εδώ έρχεται η Ιαπωνική Δύναμη Άμυνας, μια στρατιωτική οργάνωση που έχει αναλάβει την εξουδετέρωση των kaiju. Ο Kafka Hibino, ένας καθαριστής λειψάνων kaiju, πάντα ονειρευόταν να ενταχθεί στη δύναμη. Αλλά όταν του δίνεται άλλη μια ευκαιρία να πραγματοποιήσει το όνειρο της παιδικής του ηλικίας, υποβάλλεται σε μια απροσδόκητη μεταμόρφωση. Πώς μπορεί τώρα να πολεμήσει τα kaiju αφού έχει γίνει κι ο ίδιος ένα; Τα πέντε αναγνωρισμένα kaiju που δημιούργησε το Νο. 9 συγκεντρώνονται στην περιοχή της ανατολικής διοίκησης. Σχεδιασμένα ειδικά για να εξαλείψουν τους κυριότερους παίκτες της Δύναμης Άμυνας, αυτά τα kaiju έχουν εμπλέξει κάθε διοίκηση σε έναν αγώνα. Εν τω μεταξύ, ο Kafka κάνει μια υπόσχεση στην Kikoru πριν από τη μάχη. Τι μπορεί να είναι αυτή;