Στην αλχημιστική τελετή που πήγε στραβά, ο Έντβαρντ Ελρικ έχασε το χέρι και το πόδι του, ενώ ο αδελφός του, Αλφόνσε, έγινε τίποτα περισσότερα από μια ψυχή σε μια πανοπλία. Εξοπλισμένος με μηχανικά μέλη auto-mail, ο Έντβαρντ γίνεται κρατικός αλχημιστής, αναζητώντας το μοναδικό πράγμα που μπορεί να αποκαταστήσει τα σώματα του ίδιου και του αδελφού του...τη διάσημη Πέτρα του Φιλοσόφου. Οι αδελφοί Ελρικ κατευθύνονται προς το βορρά, στο Φρούριο Μπρίγκς, αναζητώντας την May Chang, της οποίας η αλχημεία Xing μπορεί να περιέχει τις απαντήσεις που αναζητούν. Όμως, όπως θα ανακαλύψουν σύντομα ο Έντ και ο Άλ, το μόνο πράγμα που είναι λιγότερο επιεικές από τον καιρό του Μπρίγκς είναι το τάγμα των σκληραγωγημένων στρατιωτών που έχει ανατεθεί στην υπεράσπισή του. Τα πράγματα γίνονται ακόμα πιο περίπλοκα όταν οι Έντ και Άλ μπλέκονται σε καραντίνα και ο σαδιστής Κίμπλι έρχεται από το Κεντρικό με την Γουίνρι ως όμηρο. Αλλά ακόμη και η σκληρότητα του Κίμπλι ωχριά σε σύγκριση με το κακό των νέων ομοιόστατων που παρακολουθούν από τις σκιές...